La costruzione si sviluppava su più livelli, sfruttando le caratteristiche orografiche del colle che in questo punto digradava ripidamente verso la pianura del Testaccio. Sono, infatti documentati ambienti seminterrati – sostruzioni, magazzini, e corridoi sotterranei – a cui si sovrapponeva la parte abitativa. Le strutture poste alla quota superiore che si conservano sono caratterizzate da una varietà di opere murarie: fondazioni in blocchi regolari di forma parallelepipeda (opera quadrata), cortine di mattoni (opera laterizia), o specchiature di reticolato inquadrate da cornici di mattoni (opera mista). Sono sopravvissute anche porzioni di muro affrescate e decorate da zoccolature in lastrine di marmo.
I pavimenti erano rivestiti da mattoncini collocati di taglio e disposti a "spiga di grano" (opus spicatum), in lastre di marmo (opus sectile) o, più frequentemente, in mosaico a tessere bianche e nere o policrome con un ricco repertorio di figurazioni. Di tali pavimentazioni, molte delle quali andate distrutte o non più rintracciabili, è ancora conservato un mosaico rappresentante Orfeo seduto vicino ad un albero intento ad incantare una trentina di animali esotici ed uccelli col suono della sua lira. Il mosaico, attualmente collocato nel vano del corpo scala principale del convento, è datato fra la fine del II e inizi III secolo d.C. Alla ricca decorazione architettonica dell’edificio faceva riscontro un notevole apparato scultoreo in marmo rinvenuto tra via di Sant' Anselmo e via di San Domenico: una statua muliebre, una testa virile barbata, un torsetto di statua virile ed un piede appartenente ad una statua di grandi dimensioni.

Tre tripodi marmorei (due dei quali appartenuti alla collezione Piranesi ed uno dei quali sicuramente rinvenuto nei pressi della chiesa di Santa Maria del Priorato) ed un epistilio circolare con thiasos marino sono solo una modestissima parte della ricca collezione scultorea che originariamente arredava la domus.

Uno dei livelli della domus era rappresentato da un grande criptoportico a tre braccia coperto con volte a botte. Realizzato con murature in opera reticolata e fornito di lucernari a bocca di lupo, esso racchiude un’ampia area attualmente occupata dai due chiostri del convento.

Numerose stanze e gallerie coperte si sviluppavano nei livelli inferiori del complesso. La domus doveva essere servita da un sistema di captazione delle acque con pozzi e cunicoli. Una cisterna, ancora conservata al di sotto dell’ambulacro che divide i due chiostri del monastero, occupa all’incirca l’area interrata al centro del criptoportico: l’impianto idraulico è composto da due vani rettangolari, affiancati su un lato lungo.

E’ ipotizzabile che i lati della domus verso sud-est e sud-ovest presentassero aree semi-aperte, come portici o terrazze, affacciate sulla pianura.

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